Pria kelahiran Pati, Jawa Tengah, 11 Januari 1967 berasal dari keluarga Nahdlatul Ulama. Ayahnya Abdullah Rifa'i dari pesantren Mansajul Ulum, Pati, sedang mertuanya, KH. A. Mustofa Bisri, adalah kyai dari pesantren Raudlatut Talibin, Rembang.
Sebagai bagian daripada keluarga besar Nahdlatul Ulama, tidak jarang pendapat Ulil dianggap bagian daripada khazanah pemikiran di lingkungan NU. Tetapi Ulil menolak bila pendapatnya dikaitkan dengan NU sebagai lembaga.
Menanggapi hal tersebut, Ulil mengatakan bahwa dirinya memang orang NU, tetapi pendapatnya tidak ada kaitan dengan NU sebagai sebuah lembaga.
"Saya memang orang NU. Tp tak ada kaitan antara pendapat saya dg NU sbg lembaga.", tanggapnya.
Ibnu Manshur